南方医科大学第四轮学科评估于2016年4月启动,按照“自愿申请、免费参评”原则,采用“客观评价与主观评价相结合”的方式进行。评估体系在前三轮的基础上进行诸多创新;评估数据以“公共数据和单位填报相结合”的方式获取;评估结果按“分档”方式呈现,具体方法是按“学科整体水得分”的位次百分位,将前70%的学科分9档公布:前2%(或前2名)为A+,2%~5%为A(不含2%,下同),5%~10%为A-,10%~20%为B+,20%~30%为B,30%~40%为B-,40%~50%为C+,50%~60%为C,60%~70%为C-。

| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科代码 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 12121 | 南方医科大学 | 1001 | 基础医学 | B+ |
| 2 | 12121 | 南方医科大学 | 1004 | 公共卫生与预防医学 | B+ |
| 3 | 12121 | 南方医科大学 | 1006 | 中西医结合 | B+ |
| 4 | 12121 | 南方医科大学 | 0831 | 生物医学工程 | B |
| 5 | 12121 | 南方医科大学 | 1002 | 临床医学 | B |
| 6 | 12121 | 南方医科大学 | 1007 | 药学 | B |
| 7 | 12121 | 南方医科大学 | 1011 | 护理学 | B |
| 8 | 12121 | 南方医科大学 | 1003 | 口腔医学 | C- |
| 9 | 12121 | 南方医科大学 | 1008 | 中药学 | C- |
学校现有国家级人才项目入选者239人次,省级人才项目入选者354人次,其中:两院院士3人、双聘院士6人,国家级教学团队3个,国家教学名师4人,国家海外高层次人才15人,21人,国家杰青19人,国家特支计划12人(青年拔尖人才3人),“百千万人才工程”国家级人选20人,科技部中青年科技创新领军人才6人,国家“优青”13人。
学校共有国家重点实验室、国家临床医学研究中心、粤港澳大湾区脑与类脑研究中心等国家和省部级科研台93个,科技部重点领域创新团队2个、教育部创新团队2个、国家自然科学基金创新研究群体1个。共获国家科技三大奖18项,省部级一等奖55项,获国家科技奖数量位居广东省属高校第一。连续三个五年计划牵头承担传染病防治国家科技重大专项。2021年获国家自然基金309项,立项数居全国独立医科院校第2位,连续6年跻身全国30强。《南方医科大学学报》入选“中国科技期刊卓越行动计划”梯队期刊类项目,连续8年获得“百种中国杰出学术期刊”称号,综合评价得分位列全国医药大学学报类期刊第1位。
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