南通大学第四轮学科评估于2016年4月启动,按照“自愿申请、免费参评”原则,采用“客观评价与主观评价相结合”的方式进行。评估体系在前三轮的基础上进行诸多创新;评估数据以“公共数据和单位填报相结合”的方式获取;评估结果按“分档”方式呈现,具体方法是按“学科整体水得分”的位次百分位,将前70%的学科分9档公布:前2%(或前2名)为A+,2%~5%为A(不含2%,下同),5%~10%为A-,10%~20%为B+,20%~30%为B,30%~40%为B-,40%~50%为C+,50%~60%为C,60%~70%为C-。

| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 10304 | 南通大学 | 基础医学 | B- |
| 2 | 10304 | 南通大学 | 信息与通信工程 | C+ |
| 3 | 10304 | 南通大学 | 马克思主义理论 | C |
| 4 | 10304 | 南通大学 | 机械工程 | C |
| 5 | 10304 | 南通大学 | 临床医学 | C |
| 6 | 10304 | 南通大学 | 中国语言文学 | C- |
| 7 | 10304 | 南通大学 | 控制科学与工程 | C- |
学校设有20个学院、1个独立学院(杏林学院)、1家直属大型综合三级甲等医院(南通大学附属医院)和国际教育学院、继续教育学院。拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个博士后流动站,基础医学、临床医学、信息与通信工程、公共卫生与预防医学、特种医学5个一级学科博士点,23个一级学科硕士点,19个硕士专业学位点。临床医学、神经科学与行为学、工程学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、化学等6个学科进入ESI学科全球排名前1%。拥有江苏高校优势学科2个、江苏省重点学科8个、江苏省临床医学重点专科30个。
学校现有教职工3435人(含杏林学院),其中高级职称以上1779人,博士、硕士生导师1610余人。有中国工程院院士、教育部“奖励计划”特聘教授、国家重大人才计划B类领军人才、“百千万人才工程”国家级人选、国家杰出青年科学基金获得者、国家优秀青年科学基金获得者、中科院“”入选者、国家重点研发计划项目首席科学家、国家社科基金重大项目首席专家、奥运冠军、教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者,江苏“双创计划”高校创新类人才、江苏特聘教授、江苏省“333工程”高层次人才等各类杰出人才百人。
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